巴尔沃亚有着极其坚强的毅力，正当他坚定地实施自己的宏伟计划时，不幸在悄然滋长。正是这个大胆计划所取得的成功，给自己招来了危险。佩德拉里亚斯的猜忌目光从没有停止地注视着自己这个下属的意图。或许是由于叛徒的出卖，他得到了情报，了解到巴尔沃亚正野心勃勃地建立自己的统治；或许纯粹是出于嫉妒，担心这个从前的叛乱者再一次获得成功。总之，他突然给巴尔沃亚寄去一封言辞恳切的信，信中说，希望巴尔沃亚最终开始远征之前最好回到阿克拉，也就是达连附近的一座城市，两人再好好商谈一次。巴尔沃亚幻想进一步从佩德拉里亚斯那里得到兵力支援，于是，按照信上的邀请即刻返回。在城门外一小队士兵迈着正步向他走去，看上去像是迎接他似的。他高兴地急忙朝他们大步走去，为的是要去拥抱他们的队长弗朗西斯科·皮萨罗，这可是他多年的战友、发现南海时的同伴、自己信赖的朋友。

　　但是，皮萨罗的手却重重按在了他的肩上，并宣布他已被捕。皮萨罗也渴望着建立一番不朽的功业，也渴望着能去征服那黄金之国，因此，当他知道要干掉如此一个任意妄为的拦路人时，心里可并没有不乐意。在佩德拉里亚斯总督的主持下，这场所谓叛乱的审判的开始了，显然，这次巴尔沃亚难逃不公正的判决。几天之后，巴尔沃亚和他自己几个最忠实的伙伴一起被送上了断头台。只见刽子手的刀斧一闪，巴尔沃亚的头颅滚落到地上，那头颅上的眼睛在一秒钟之内永远地闭上了，这是人类第一双同时看到过环抱我们地球两大洋的眼睛。